"La Bandera del Municipio de Nilo se adopta mediante Decreto No. 040 de Diciembre 11 de 1.991 MEDIDAS : Dos metros (2.00 mts)de larga, por un metro setenta centímetros (1.70) de ancha. Estandarte de tres franjas horizontales, de la misma proporción y un triángulo sobrepuesto en la parte izquierda, dos de sus vértices están ubicados en las esquinas izquierdas de la bandera, el tercer vértice debe estar en la franja central blanca. Tiene los siguientes colores con sus significados: Franja superior roja: el fruto carnoso del café y de las frutas que produce en su campo y la sangre que corre por las venas, que significa vida. La segunda franja blanca: la paz y la tranquilidad que hacen de Nilo un lugar amable y tranquilo. Franja inferior verde: esperanza, naturaleza y la diversidad de recursos naturales que posee. El triángulo amarillo: la riqueza histórico-cultural de mayor trascendencia que se tiene, cuna musical del Himno Nacional."

Colores usados: Y, R, W, V